Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh kombinasi sistem tanam  dan jenis pupuk NPK terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman padi (Oryza sativa L) beras merah varietas pamelen. Penelitian ini dilaksanakan di  Pusat Pelatihan Pertanian dan Pedesaan Swadaya (PAS) “Lestari Makmur” bertempat di Jalan Wates Km. 12 Dusun Semampir, Desa Argorejo, Kecamatan Sedayu, Kabupaten Bantul ,Yogyakarta. Ketinggian tempat 88 mdpl, jenis tanah regosol, dengan pH tanah 5,5-7, suhu rata-rata yaitu 26-32oC, dan curah hujan yaitu 1.654 mm/tahun. Dilaksanakan pada bulan September – Desember 2019. Penelitian dilakukan dengan percobaan faktorial 3 x 3 , yang disusun dengan rancangan split plot dengan 3 kali ulangan. Main plot adalah sistem tanam yang terdiri dari 3 macam yaitu jajar legowo 4:1, jajar legowo 2:1 dan tegel 1:1. Sub plot adalah jenis pupuk NPK yaitu NPK phonska, NPK mutiara, NPK phonska plus. Variabel pengamatan meliputi tinggi tanaman, jumlah anakan, berat kering tanaman, jumlah anakan produktif, persentase gabah isi, bobot 1000 biji dan produksi gabah per hektar. Analisis variabel pengamatan menggunakan sidik ragam pada taraf 5%, dilanjutkan dengan menggunakan Duncan’s Multiple Range Test (DMRT) pada taraf α = 5%. Hasil penelitian menunjukan bahwa tidak terjadi interaksi antara sistem tanam dan jenis pupuk NPK  terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman padi beras merah varietas pamelen. Perlakuan sistem tanam jajar legowo 2:1 memberikan hasil yang lebih tinggi pada pertumbuhan dan hasil tanaman padi beras merah varietas pamelen dibandingkan sistem tanam jajarlegowo 4:1 dan sistem tanam tegel 1:1. Perlakuan jenis pupuk NPK tidak memberikan pengaruh yang beda  nyata terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman .